天平勝宝元年（７４９年）より、大井荘（現　大垣市）は奈良県は東大寺の荘園であった。
これにより、後醍醐天皇の御世、建武元年（１３３４年）南都梨原宮（東大寺鎮守の八幡宮也）を手向山八幡宮より当国安八郡大井荘藤江村に勧誘した（現　大垣市藤江町）。
その後、宝徳３年６月（１４５１年）遮那院条済が現在の大垣市外側町の地に遷座し、遮那院代々別当職となり大垣町及び近傍十八郷（大井荘十八郷）の総社と称した（この大井荘十八郷は往古南都東大寺の寺領となりし縁故 によるものである）。

天文１５年（１５４６年）には、斉藤道三の兵火により全焼するも、慶長５年（１６００年）に関が原の戦いにおいて、神宝伝々の記述が見られる事から、程無く再建されたのであろう。
その後、慶長１１年（１６０６年）大垣城主　石川康道政俊の刀奉納、同１３年（１６０８年）幣殿、拝殿、舞殿が建てられる。
慶安元年（１６４８年）大垣藩初代藩主　戸田氏鉄により再建整備が行われるなど、江戸時代徳川幕府も往古の神威社格を崇め、朱印をもって社領を附し、大垣城主も代々深く崇敬して社殿の営繕をはじめ寄進献納などの敬事数多 を数え、江戸時代を通じて厚く信仰されてきた（その神徳を証する、後陽成天皇の神号軸、藤原行成筆の神号額、大垣城主奉納の神鏡、梶川英盛が寛文年間に記せる八幡神社縁起、その他古文書及び刀剣数口の神宝を所蔵していたが、 昭和２０年７月大東亜戦争（太平洋戦争）による米軍の空襲により焼失）。

明治に入ると、明治新政府より神仏分離令が出され、慶応４年４月から明治元年１２月（共に１８６８年）にかけて全国で分離が行われる（当八幡神社も遮那院を分離）。 その後も、広く大垣市民の崇敬を集めるも、昭和２０年７月（１９４５年）に、大東亜戦争（太平洋戦争）による米軍の空襲により、社殿が焼失した。 消失した社殿等は氏子氏の熱誠により、同２６年（１９５１年）本殿復興。同２９年（１９５４年）拝殿復興。同３０年（１９５５年）社務所復興、現在に至る。

・出雲神社
御祭神：大国主大神（大黒大神）・美保津姫神・事代主大神（恵比寿大神）
由　緒：戦後の復興と反映を願い、大垣駅前商店街を始めとする氏子達の熱望により、商売繁盛、縁結び、子孫繁栄の神として、昭和２２年出雲大社、美保神社の両者より勧誘。昭和４５年拝殿を建設 し現在に至る。
その拝殿前には、奇しくも雄雌の銀杏の木が１つの根元より抱き合うように立っており、「夫婦銀杏」として親しまれている。

・大福稲荷神社
御祭神：宇迦之御魂神
由　緒：本社の右側にありこの地の地主神として、八幡社遷座以前よりもこの地に鎮座し、その勧請年月は不明。八幡社遷座以前は、卯月の中の卯の日を稲荷の祭日とし、流鏑馬が執り行われていたが、 八幡遷座後は同日祭礼となり、流鏑馬なども行われなくなった。大垣市内の商業が発展すると共に、市内の商売繁盛の神様として崇敬を集めている。

・大垣天満宮
御祭神：菅原道真
由　緒：八幡社遷座時に勧誘とあるのみで、詳細不明。元々、八幡社左に配されていたが、戦後の復興時に現在の地に移転。古くは「北野神社」の名称で親しまれていた。現在も学問の神としての信仰が ある。

・大垣竜神社
御祭神：霊蛇神
由　緒：大垣藩主　戸田氏正邸の火災消除の為、文久３年（１８６０年）江戸屋敷に出雲竜蛇社と勧誘。明治の江戸屋敷破棄に伴いここに移された。
出雲講には、「水に住む”龍”の信仰からは、火難、水難の守護神と仰ぎ、地に住む”蛇”の信仰からは、土地の禍事、火事を除かれる大地主神と崇め、この２つの信仰が融合し一体となって、 各々の家庭の開運、繁栄をお導き頂く”縁結びの神”。”福を授ける神”として慕われていらっしゃいます」とある。

・広瀬神社・龍田神社
広瀬神社御祭神：和加宇賀之売命（若宇加能売命）
龍田神社御祭神：志那都比古神（天御柱神）・志那都比売神（国御柱神）
由　緒：社史によれば、大垣藩主　戸田氏教の願いにより、寛政２年（１７９０年）　大和の国（現在の奈良県）に鎮座する「広瀬神社」「龍田神社」両社よりより勧請とある。
広瀬大神は、水神であると言われ、風神である龍田大神とは深い関係にあると言われている事から合祀された。