石見銀山世界遺産センターは、世界遺産「石見銀山遺跡とその文化的景観」のエントランスとして、遺産のガイダンス機能を担っています。
したがって、実物の歴史資料で構成される博物館や資料館とは性格が異なり、模型・映像・レプリカ・再現品を中心に構成されています。
また、埋蔵文化財センターとしての機能を有しており、発掘調査により出土した遺物の展示も行っています。

石見銀山遺跡は島根県のほぼ中央に位置し、石見銀の採掘・精錬から運搬・積み出しに至る鉱山開発の総体を表す、銀鉱山跡と鉱山町、港と港町、及びこれらをつなぐ街道と山城から成っています。
この遺跡は、東西世界の文物交流及び文明交流の物証であり、伝統的技術による銀生産を証明する考古学的遺跡及び、銀鉱山に関わる土地利用の総体を表す文化的景観としての価値を持っています。

【展示のテーマ】
展示テーマは石見銀山が世界遺産に登録された「3つの価値」と、1996(平成8)年から進めてきた「石見銀山遺跡総合調査の成果」という、計4つのテーマから構成されています。

―第1展示室―
『世界史に刻まれた石見銀山』
16世紀の東西交易によって、石見銀山が海外にまで知られていた記録や「人類の価値の重要な交流」に大きな役割を果たしたことを紹介しています。

―第2展示室―
『石見銀山の歴史と鉱山技術』
石見銀山は、採掘から製錬の技術・支配・信仰・生活・銀の流通に至るまでの銀生産の総体を遺構として残すという、世界遺産としての「独特かつ稀な証拠」を示しています。
これを“歴史”・“くらしと技術”という2つのサブテーマで解説しています。

(a)石見銀山の歴史
16世紀の神屋寿禎による「銀山発見」から大森の町の形成まで、映像や資料写真、復元品などで解説しています。

(b)石見銀山のくらしと技術
発掘調査の成果を中心に、鉱山のくらしと技術を解説しています。
また、期間限定で「国重要文化財・辻が花染丁子文道服の再現品」の公開を実施しています。

―第3展示室―
『石見銀山の調査・研究』
自然科学・文献・石造物・間歩・発掘調査という学際的な調査研究成果の一端を紹介しています。
併せて石見銀山の地質学的な背景から鉱脈や坑道の分布などを映像、模型などで解説しています。
平成21年度からは、都市鉱山について解説するコーナーを設け、廃棄される電化製品などから希少な金属を回収・再利用している状況の展示解説を開始しています。
また、この年度寄贈を受けた30㎏の純銀インゴットを活用し、実際にこの銀の手触りや重さを感じられる形での常設展示を行っています。

―第4展示室―
『石見銀山遺跡とその文化的景観』
VR（仮想現実）機器を利用した360°映像コンテンツの視聴体験とドームシアターに映し出される臨場感あふれるVR映像コンテンツにより非公開区域の映像も視聴できるコーナーです。