万九千神社は神在祭(かみありさい)に際し、全国から出雲へと参集された八百万神が最後にお立ち寄りになるとの神話を今に伝えています。
八百万神は当社において、出雲路における神議り(かみはかり)を締め括り、神宴(直会＝なおらい)を催したのち、神在月26日から翌未明にかけて諸国へとお旅立ち(神等去出＝からさで)なさるとされています。

【神在祭(かみありさい)】
古来、全国では旧暦十月を神無月(かんなづき)といいますが、出雲では神在月(かみありづき)と呼んでいます。
全国の八百万神が出雲に集まられ、国家安泰・五穀豊穣・縁結びなどの神議(かみはかり)をなさるからだとされます。
八百万神は出雲大社、佐太神社など出雲国の複数の神社に滞在のうえ神議をなさいます。
万九千社においても、旧暦の17日から26日までを神在もしくはお忌みと称して、神在祭を齋行しています。

―櫛御気奴命(くしみけぬのみこと)―
食物の神。
農業をはじめとする生産を司られます。
またの名を熊野大神と称し、熊野大社(松江市八雲町鎮座)の主祭神です。

―少彦名命(すくなひこのみこと)―
大穴牟遅神と協力して国土を開拓され、葦原中津国の国造りを果たされた神。
農耕をはじめ諸産業、医薬の道を司られる神です。

―大穴牟遅命(おおなむちのみこと)―
出雲国をはじめとする国土を開拓され、葦原中津国の国造り、国譲りを果たされた神。
農耕・漁業の諸産業、医薬、縁結びを司られる神です。
またの名を大国主大神・所造天下大神・杵築大神などと称し、出雲大社の主祭神。

―八百萬神(やおよろずのかみ)―
毎年の神在月に、日本中の天神地祇(あまつかみくにつかみ)が、当社の磐境、神籬に参集され、神議りや直会をなさることにちなみ、国内全ての神々をまつります。

ご祈祷・ご祈願とは、皆さまが神様のご神徳をいただかれ、それぞれのお願いごとが叶いますよう、神職が皆さまと神様との仲をとり持ち、神様に感謝とお祈りのまごころを捧げることです。
当社では様々なご祈祷・ご祈願祭を執り行っています。

【ご祈祷概要】
◇祈祷料
　5,000円～/件
◇受付場所
　社務所
　※ご祈祷を希望なさる際は、ご予約の上お越しください
◇祈祷内容
　天下泰平/諸願成就/風雨順時/五穀豊穣/諸産業繁栄/良縁祈願/病気平癒/医薬発展/牛馬安全/会議宴会円満成就/飲食業繁栄/商売繁盛/旅行安全/交通安全/起業成功/進学合格/就職成就/開運厄除etc.